Située près d'une plaine fertile au nord de la Crète et dotée de son propre port, Malia était l'un des principaux établissements et palais de la civilisation minoenne. Habité depuis l'époque néolithique (6000 av. J.-C.) et avec les premières preuves d'architecture monumentale datant de 2200 avant J.-C., le site atteignit sa plus grande influence pendant les périodes palatiales de 1900 à 1675 avant J.-C. environ. À la suite de tremblements de terre et d'incendies, le site perdit de son influence et fut définitivement abandonné vers 1250 avant notre ère.
Le nom original de la colonie fut perdu et le site tira son nom actuel du village moderne de Malia, situé à proximité. Les suggestions quant au nom original sont Milatos ou Tarmara. Dans la mythologie grecque, le premier roi de Malia était Sarpédon (fils de Zeus et d'Europe), frère cadet de Minos de Knossos.
Avec Knossos, Phaistos et Zakros, Malia était l'un des plus importants établissements minoens. Le complexe du palais, couvrant environ 7500 mètres carrés, était peut-être le centre administratif, commercial, politique et religieux local. Il y a également de nombreuses preuves archéologiques autour du site du palais, y compris une ville, des palais plus petits et un grand cimetière. Les découvertes d'objets en or et en bronze, de vases en pierre, de vastes ateliers de poterie, de métal et de céramique, de grands vases (pithoi et amphores) et la présence de pierres à cacheter maliennes dans toute la Crète centrale, suggèrent fortement que Malia était un important centre de commerce et d'échanges.
Le complexe palatial fut construit en deux étapes. Le premier palais, construit vers 1900 avant notre ère, fut détruit vers 1675 avant notre ère, probablement par un incendie et un tremblement de terre. Le deuxième palais fut construit peu après, en grande partie sur le plan du premier. Ce palais fut également détruit, une fois encore, probablement par un tremblement de terre vers 1450 avant notre ère. À l'exception notable des cours principales, ce sont les vestiges du second palais qui sont visibles sur le site aujourd'hui. Le site a été fouillé par l'École française d'archéologie de 1920 à nos jours et est considéré comme un site vitrine de l'archéologie moderne de conservation.
Les splendides palais incluent toutes les caractéristiques principales de l'architecture palatiale minoenne telles qu'une grande cour centrale, un théâtre ou une zone de performance, des colonnades, des puits de lumière, des salles de deux étages, des magasins de stockage, et des salles privées. Les palais furent construits en utilisant des blocs de grès et de calcaire locaux, et de nombreuses pièces avaient été plâtrées et peintes, y compris les sols.
On peut encore voir aujourd'hui la grande cour centrale (48m x 23m et à l'origine avec des portiques sur les côtés nord et ouest) avec son foyer sacrificiel central et quatre étapes monumentales survivantes le long de son côté sud utilisé comme zone de théâtre, probablement, comme pour les autres palais minoens, pour des festivals, des rituels et des jeux de saut de taureau ; 7 marches du Grand Escalier monumental ; une pierre d'offrande de 90cm de diamètre ou Kernos; trois fosses circulaires de 4m de large utilisées comme silos à grain, chacune avec une base de colonne centrale pour soutenir le toit original ; la Salle Hypostyle avec 6 bases de colonne encore in situ; la Crypte Hypostyle avec ses murs bancaux suggérant son utilisation comme lieu de réunion ; et diverses autres salles, appartements et magazines incluant une pièce avec une toilette en pierre bien préservée avec un système de drainage.
Parmi les découvertes exceptionnelles du site, citons le célèbre pendentif en or en forme d'abeille et la hache cérémonielle en pierre en forme de panthère datant du XVIIe siècle avant notre ère. Ces objets se trouvent maintenant au musée archéologique d'Héraklion, en Crète.
