印加帝国的战争以高度的机动性、大规模的近身肉搏战以及建立堡垒网络以保护拥有超过 1000 万臣民的帝国为特点。征服行动使印加人获取了大量新的资源，并为统治者以及在战场上表现英勇的战士赢得了威望。
外交是印加帝国建立和维持统治的重要手段，他们多次利用外交手段以最小的流血代价获取大面积的新领土。然而，有时他们也不得不开启战争模式，帝国的几个地区也一直存在着抵制印加统治的斗争。不过，只有拥有先进技术的欧洲人的到来，才最终阻止了印加统治者不断扩张的步伐。
帝国扩张
印加人是卓越的外交家，他们通过洽谈贸易与纳贡协议、进行隆重的礼物交换、安排通婚，以及将那些善良的民众迁徙至新征服的地区或动荡地区，从而将其影响力扩展到整个安第斯地区。只有当这些策略失效时，战争才成为必要手段。早期印加战争仅仅是为了获取敌方财富，但随着他们的雄心不断膨胀，逐渐谋求对邻国领土的永久控制，进而将其影响力传播至整个南美洲。
开疆破土对于统治者的威望至关重要，不仅在他统治期间如此，在他驾崩后也同样如此，他的丰功伟绩会被广为传颂，人们会前往他取得伟大胜利的地方朝圣。后任统治者自然想要超越他们的前任，因此印加帝国的整个历史就是不断向外扩张、扩容的征战史。
宗教因素在战争中也不可或缺，因为印加人把他们的征服行为看作是对太阳神因蒂的进一步崇拜。因此，出征前要禁食两天，然后举行祭祀仪式（通常用黑色驼羊，有时也用儿童）或举行宴会。军队出征时，祭司和宗教偶像会随行，即使在战役过程中某些宗教活动也会照例举行，例如，在新月之夜禁止战斗的习俗等。西班牙人在 16 世纪上半叶攻打库斯科时就充分利用了这一点。
部队和指挥结构
印加军队的士兵主要由非印加人组成，即那些被征服的民族，他们被迫以提供人力的形式作为贡赋，为他们的统治者效力。因此，印加军队是由各个独立的民族单位组成的联合体，每个单位由自己的地方指挥官领导，并使用他们自己偏爱的武器。由于这些单位说着不同的语言，在激烈的战斗中协调起来想必十分困难。此外，这些士兵实际上是农民，他们的作战效率（或者说缺乏效率）可能解释了为什么印加人最终开始组建一支职业军队。军队单位按十进制划分，最小的单位是 10 人，由一名 chunka kamayuq 指挥，然后是 100 人由一名 pachaka kuraka 指挥，接着是 1000 人由一名 waranqa kuraka 指挥，最后是 10000 人由一名 hunu kuraka 指挥。通常，部队由两名军官共同指挥，但尚不清楚他们之间是如何分工的。
印加军队通常由数万名士兵组成，某些战役中甚至可能超过 10 万人。士兵从普通民众中定期征召，任何年龄在 25 岁到 50 岁之间的男性都有服兵役的义务。士兵出征时可以携带妻子。25 岁以下的男子则负责搬运物资，他们与厨师、陶工等众多非战斗人员一起组成了一支庞大的随军队伍。虽然在国家不需要时士兵们都是农民，但所有印加男性在年轻时都会接受如何使用武器的训练，并参加仪式性的模拟实战。纯印加血统的武士组成了一支几千人的精锐部队；有时还会从其他部队中挑选精兵加以补充。他们充当印加国王的贴身卫队，身着黑白格纹的特制长袍，领口处有一个醒目的红色三角形。
高级军事指挥官通常出身王室。印加国王是总司令，为了避免副总指挥官声望过高，从而威胁到国王的统治，国王常常亲自率军出征。然而，随着帝国版图的扩大，国王长期远离首都库斯科变得不切实际，于是指挥作战的任务往往落在国王的兄弟或儿子身上。不管怎样，战场指挥官很少亲临前线，他们通常在指挥所的安全距离内下达总体作战命令。
武器
战争是血腥而混乱的肉搏战。武器因部队的种族不同而不同，包括用投掷器发射的硬木叉子、箭、标枪、投石器、流星锤、棍棒和用铜或青铜制成的星形头狼牙棒。最受欢迎的武器似乎是棕榈木棍，形状像剑，有双刃。若地形适宜，还会使用巨石滚向敌人，在草地上就燃起大火灭敌。防御装备包括长方形或梯形的兽皮盾、用藤条或木块编织的头盔，以及胸背部位的金属护甲或夹层布制束腰外衣，这些装备既耐用又轻便。
除了武器外，部队还配备了一套衣服、凉鞋、一条毯子以及一些食物，例如玉米、辣椒和古柯叶。士兵们会穿上他们最好的服装进行战斗，比如华丽的羽毛头饰和抛光的银或铜胸甲。士兵们可能还会佩戴一些彰显他们过往功绩的装饰品，比如用敌人牙齿制成的项链，以及指挥官作为奖励颁发给他们的铜质或银质奖章。
战略
印加人在战争中的优势并不表现在掌握了先进的技术或采用了比敌人更好的战术，而是他们在战前充分的准备工作以及压倒性的兵力优势。然而，在战斗之前，一种常见的策略是派遣信使到敌方，提供有利的诱降条件，并保证敌方指挥官投诚后官复原职。此外，只要被征服者宣誓效忠印加国王、承认印加太阳神因蒂为最高神灵并定期以货物和徭役的形式进贡，他们就不会被夺走所有资源。上曼塔罗（Mantaro）山谷的一大片地区就这样被征服了，没有发生任何流血事件。
另一方面，如果敌人坚持要开战，印加人就会动员其优势兵力，毫不留情地消灭敌军，并驱逐尽可能多的被征服人口，从而有效地将这座城市从考古记录中抹去。以这种方式处理的地区包括图南马卡人（Tunanmarca）、卡涅特人（Canete）和厄瓜多尔的卡扬贝人（Cayambe）。那些地区，例如的的喀喀湖周围，曾多次发生叛乱，但印加帝国通过将同情印加人的人口迁移到这些地区，从内部平定了不稳定因素。
在战场上，实际交战之前，双方军队会高歌并互相辱骂，这个过程可能需要持续几天时间。当战斗正式开始时，攻击要么是在开阔的地带正面交锋，要么是攻城战。战斗开始前，印加军队会派出间谍探查地形，通常以一支大部队发起进攻，同时，留出一些后备部队以备撤退之需。两种经常使用的战术被证明非常有效，即佯装撤退后再以钳形攻势反击。
后勤
为了维持一个一直延伸到南美洲西海岸的帝国，并确保军队能够在任何需要的地方迅速部署，印加人修建了一个由堡垒组成的网络，这些堡垒由一个更为庞大的道路网络连接。每隔一段固定的距离，道路上就设有驿站，这样军队在行军不超过20公里的距离内就能获得新的补给。货物由搬运工运输，搬运工包括美洲驼和人，其中也有女性。
一般来说，战役会持续数月，军队需要食物和住所。食物和武器可从印加人的仓库“库拉”（qollqa）中获取，这些仓库遍布乡村。为减轻当地社区的负担，相关部门会事先收到军队即将到来的通知，而且军队会分批行进，以免在开赴战场的途中同时出现在同一地点。此外，士兵在当地进行任何抢劫行为都将被处以死刑。
堡垒
随着帝国的扩张，其管理也变得愈发繁重，因此印加人不得不在所征服的领土上长期驻军。这就需要建造堡垒、设立驻军营地以加强边防。堡垒通常建在战略要道和边境地区可能被入侵者利用的通道上，尤其是在基多周边地区，那里已确认有 37 座印加堡垒遗迹。
由于在安第斯地区的战争中没有使用火药、大型投射物或攻城器械，所以堡垒通常构造简单，只是在山顶上筑起一圈围墙。它们无法长期容纳大量士兵，士兵们在未受攻击时通常睡在帐篷里。围墙呈同心圆状，但也有许多急转弯，以便从更多角度向进攻部队投掷石弹。有时还会通过挖护城河、加固围墙以及设置多道错开的城门来提供额外的防护。
胜利与失败
胜利者将获得战利品，印加国王的金库充斥着各种战利品。那些英勇作战的士兵会根据其地位获得不同的奖赏。奖赏包括土地、与国王同坐的权利、显赫的行政职位、金银胸甲、华服、女俘虏、武器和牲畜。战败的敌人会被押往库斯科游街示众，就像罗马的凯旋式一样，印加国王会象征性地踩在战败对手的头上。一些首领会被献祭，特别令人憎恶的敌人，其头颅会被制成精美的酒杯，其皮会被制成鼓膜。印加人还会夺取被征服民族的圣物，象征性地将其“囚禁”在库斯科的科里坎查建筑群中，以确保被征服民众的顺从。
印加人似乎没有记录他们所遭受的失败，不过鉴于他们纪律严明且人数众多，任何挫折都可能只是暂时的。当然，当欧洲人带着骑兵和火枪到来时，印加人遇到了旗鼓相当的对手。不过，印加帝国的覆灭并非一蹴而就。在最初几次惨败以及国王被处死之后，印加人实际上还赢得了一些战斗，并且又抵抗了装备精良的入侵者长达 50 年之久。西班牙人最终取得了胜利，但他们也深切体会到要掌控一个幅员辽阔、地形复杂、涵盖数百种不同文化、地域面积达数千平方公里的庞大帝国是多么艰难。
