秘鲁的印加文明和许多其他安第斯地区的古代文化一样，将许多逝者制成木乃伊，并与珍贵的金属首饰、精美的陶器和华丽的织物等贵重物品一同埋葬。重要的木乃伊还会定期从他们安息的墓穴中请出，参加仪式，人们还会像对待活人一样给它们提供食物。那些未被掠夺者盗走的木乃伊（mallki）在大多数情况下都保存得相当完好，这得益于安第斯地区的干燥气候；它们为后人了解印加人的文化、宗教习俗和日常生活提供了独特的视角。
祖先崇拜
木乃伊制作是印加人采用的一种丧葬方式，它是安第斯地区古老的祖先崇拜的一种表现形式，体现了对上一代（ayllu）和族群部落内亲属关系的深深敬意。这些木乃伊被视为生者与神灵之间的纽带，在重要场合可以从安息之地请出来进行“咨询”，以便他们的智慧能为生者社区造福。木乃伊被赋予尊贵的地位，还会得到食物和饮品，参与诸如婚礼、播种、收获等仪式，或者当社区内有人要进行长途旅行时也会被请出随行护佑。
尸体的保存是通过风干或冷冻干燥来实现的，这些过程得益于某些地区（如沙漠和高山）的自然气候条件。尸体也可以用酒精（从奇恰玉米啤酒中提取）进行处理和保存。早期安第斯文化曾用盐作为防腐剂，并且在埋葬前常常去除尸体上的肉和体液。木乃伊被摆成胎儿的姿势，用多层织物包裹成捆，用绳子绑好，有时还会加上一块布做的头。木乃伊可以被埋葬在洞穴里或者安放于社区的专用房间内，通常是一组一组地埋葬，而且这些墓室会定期打开以便添加新的木乃伊。地位较高的人会被穿上衣服，用特别精美的织物和珠宝包裹。逝者的财物会与他们一同埋葬，有时还会加上他们特定职业的工具。
祭祀用的牺牲品，包括儿童（capacocha），也会被制成木乃伊，放置在山顶神庙和其他圣地（huaca）中。这些木乃伊通常是通过冷冻干燥制成的，其主要作用可能是强化印加对被征服省份的控制。在秘鲁中部高地的卡哈塔姆博（Cajatambo）周边地区，是保存有木乃伊遗骸的最引人注目的地方之一。17 世纪时，西班牙人记录了不少于 1825 具古代木乃伊。这里，木乃伊被存放在被称为马查伊（machay）的神圣洞穴中，身着华服，人们会定期向它们供奉食物和饮品，因为它们已成为这片土地的一部分，所以向它们求问能确保丰收。
皇家木乃伊
由于征服者和后来的盗墓者的掠夺，贵族的陵墓几乎没有几个被完整地发现，但我们从文字记载中了解到印加帝国首都库斯科的皇家木乃伊的情况。在库斯科的科里坎查（Coricancha）宗教建筑群中，有一个专门存放印加历代皇帝及其配偶木乃伊的地方，称为“马尔基斯”（mallquis）。在这些墓室里，木乃伊化的统治者被他们生前使用过的武器和收藏的艺术珍品环绕着，因为印加人认为已故的统治者仍是其生前积累的财产的所有者。
与简单的风干法不同，王室木乃伊会接受更为高级的处理，包括取出内脏和器官、进行防腐处理以及鞣制皮肤；他们甚至可以被摆成栩栩如生的姿势，以求永生。在一些特殊仪式上，比如庆祝冬至和夏至的时候，这些木乃伊会被从库房中取出，按照年龄大小依次排列在主广场——阿瓦伊帕塔（Awkaypata，意为“安息台”）的露天场地。每位木乃伊都有专人侍奉，负责解读其意愿，并手持拂尘侍立一旁。这些尊贵的木乃伊身着华服，佩戴金饰，头戴异域羽毛，栩栩如生，人们会向他们敬献食物和饮品，还会宣读他们在位期间的伟大功绩，让所有人都能听到。如此一来，便在今世与往昔之间架起了一座桥梁。
这些王室木乃伊备受尊崇，以至于西班牙人到来时，它们被多次在库斯科转移，以躲避欧洲人的掠夺和毁坏，因为欧洲人认为这种尊崇是偶像崇拜。然而，最终它们还是在 1559 年被发现并遭到毁坏。一位西班牙人加西拉索·德·维加（Garcilaso de la Vega）曾这样描述它们：
他们的身体如此完美，头发、眉毛和睫毛一应俱全。他们身着生前穿过的衣服……他们坐着的姿势就像印第安人通常那样，双臂交叉抱在胸前，右手搭在左手上，目光低垂……我记得曾触摸过瓦伊纳·卡帕克（Huayna-Capac）的手指。它坚硬而僵直，就像木雕一般。这些木乃伊非常轻，因此，任何印第安人都能将其抱在怀里或扛在肩上从一处搬到另一处。人们用白布包裹着它们在街道和广场上行走时，印第安人会纷纷跪地，一边呻吟一边落泪地向它们致敬……（D'Altroy，97 - 99）。
